針對會計法修正所衍生的爭議，總統馬英九今(7)日上午10點半召開記者會向社會各界道歉，並指示行政院依照憲法增修條文，向立法院提出覆議。馬英九表示，這幾天他聽到各界對這項修正案的看法，上午在總統府內召開會議後，共同討論後決定，同意行政院依據憲法增修條文規定，向立法院提出覆議，解決《會計法》修正所衍生的爭議。
馬英九是於上午7點半在總統府邀集副總統吳敦義、行政院長江宜樺、立法院長王金平、國民黨秘書長曾永權等人召開府院黨高層會議，會議時間長達2小時，才宣告結束。
馬英九表示，《會計法》第99條之1的條文修正草案在上週五（5月31日）經立法院三讀通過後，這幾天他看到社會各界對此有不少的批評與責難，他對此深感不安。經過這幾天的沉澱與思考之後，他認為該案修正過程中，確實存有不少爭議，造成社會觀感不佳，傷害執政團隊的信任。
馬英九說，「我曾說過，清廉是我的生命，我個人也一直堅持清白從政、奉公守法，這一點，身為中華民國總統與中國國民黨黨主席，我責無旁貸，必須承擔外界所有的批評與責難，也要積極負起監督政府改革的責任。」因此，他一方面指示行政團隊與立法院黨團進行必要的檢討，也決定今天召開記者會向社會各界道歉。
馬英九說，整個修法的過程，包括民意代表等人員不當使用公款的除罪化，以及修法時法條漏字的疏誤等，執政黨確實思考不周，也違背社會大眾的期待，這一點包括行政團隊、國民黨立法院黨團以及他本人，都應該深自反省及檢討。
他也進一步指出，行政院覆議的理由，是認為民意代表等人員不當使用業務費等不罰的標準，應該跟教授等人員一樣，要有公款公用、公款私用的區分，否則有違平等原則，因此，行政院認為有窒礙難行之處。
馬英九今天為此取消原定10點出席中央警察大學102年度畢業典禮的行程，由副總統吳敦義代為前往，並為會計法修法一事向社會大眾鞠躬道歉。
立法院會是在5月31日三讀通過會計法修法，讓民代與學者報支經費有條件除罪，外界批評此舉是為了讓前立委顏清標除罪，因為該修正案若經總統公告後3日，顏清標即可因此出獄不必服刑。後來，又發生當天所通過的修正條文適用對象原本應該是「各大專院校教職員」，但白紙黑字所寫的卻是「各大專院校職員」，漏了一個「教」字，讓教授是否在除罪化範圍內，引發更大的爭議。
