衛生署今(6)日提出愛滋器捐案的事件報告書，對此，台大醫院創傷醫學部主任柯文哲接受新頭殼訪問時指出，報告不該只針對台大醫院，應該把其他相關單位的疏失一併列出、改進。
衛生署今日上午公布「國立臺灣大學醫學院附設醫院及國立成功大學醫學院附設醫院將感染人類免疫缺乏病毒器官用於移植手術事件報告」，不過這份12頁的報告，比9月26日出爐的報告少了10頁，也只列舉台大醫院和相關醫事人員的8大人為及作業疏失。
對此，柯文哲表示，這份報告不該僅將砲口對準台大醫院，其他如衛生署、成大醫院等單位的過失，應該也要在這份報告中提出。柯文哲指出，衛生署調查整起事件，並撰寫報告時，應該要詳細地列出派哪些人作調查、時間、地點等細節，並且有調查人員的簽字，這樣才有公信力。柯文哲的說法，意指此報告的合理性有爭議。
柯文哲也抨擊調查小組，竟然在上周四(9月29日)召開記者會，直指他的罪名。他表示，調查小組怎麼能透過媒體做出這樣的行為，令他相當的不滿，這樣負責判決的單位台北市衛生局情何以堪？此外，柯文哲表示，這次的報告竟然遭到醫改會拒簽背書，「不是很可笑嗎？」
柯文哲說，衛生署不需要特別為這件事負責，甚至有人員下台，只需要「把該做的事情都做一做」，誠實地把這起事件的所有錯誤挑出來，並改正即可。他還說，衛生署等內部應該要有自我反省能力，不要只會推卸責任。
