總統府發言人羅智強今(30)日上午表示，民進黨執政時期，總統府五長自前總統陳水扁以降，佚失公文及機敏文件高達3萬多件，造成國家檔案及機密安全嚴重漏洞，馬英九震怒，移送監察院究辦。他強調，該決定絕無政治考量，因為除了依法究辦外，別無他法。
他指出，這些公文下落不明的原因，在於公文一抵達府外收發室，就跳過內收發室，直接進入5長辦公室，並沒有依照正常公文流程處理，最後又沒有依規定歸檔，形同人間蒸發。
他表示，即使是與一般公文不同的外交部秘抄，但內容涉及國家重要外交機密敏感事務，也屬於機關公物文件，仍應依國家機密保護法規定妥善保管辦理歸檔或銷毀，不得攜離或外洩；府方往例是由持有人離職時自行銷毀或歸檔，現行處理方式則是指定專人保管，用畢定期送還外交部集中銷毀。
羅智強強調，馬英九已指示訂定總統府長官辦公室文書處理原則以及總統府長官辦公室機密文書處理原則，嚴格管制所有簽辦流程，且在離職時須辦理切結，因此未來不會再有公文流失的情形。
羅智強說，濫權失職，就應該依法究辦，總統府就法論法，沒有別的考量。據總統府的法律專家表示，此案可能已違反《檔案法》第13條、《國家機密保護法施行細則》第29條、《公務人員交代條例》第2條至第6條規定以及總統府文書處理手冊等法律與規定。
至於為何選在此時公布，羅智強表示，因為該案時間橫跨8年，前後共涉及17個正副首長辦公室，案卷浩繁，再加上該等公文並未進入公文系統稽催管理，需要以人工逐一比對是否歸檔與機密等級，耗時費力，且總統府仍需維持正常業務，只能動用3個人力運用公暇空檔進行，而且為求資料詳盡，降低誤差，還分為初查與複查於98年及99年共2階段辦理，所以才花了2年多的時間清查，至今才有結果。
至於外界質疑，馬政府為何只清查民進黨執政時期，而不查李登輝執政時的公文去向？羅智強上午在記者會也澄清指出，總統府開始清查公文是因為前總統陳水扁確實被發現有攜出公文且公文流失在外的情況，因此有責任清查公文流向；但目前並無任何事證顯示李登輝有將文件攜出的情形，若民進黨有發現，也歡迎舉發。
羅智強也說，由於總統府沒有調查權，只能移請監察院出面調查，釐清佚失公文內容以及相關行政責任，一旦監察院確認，就會針對涉案人採取刑事追訴。
目前府方移送監察院調查的扁朝高階首長包括：陳水扁、呂秀蓮、陳唐山、蘇貞昌、游錫堃、陳師孟、邱義仁、葉菊蘭、陳哲男、馬永成、卓榮泰、簡又新、吳釗燮、黃志芳、劉世芳、陳其邁、林佳龍等17位首長及其辦公室人員。
