對於總統府的大動作，蘇貞昌辦公室和前副總統呂秀蓮幕僚都強調，從未經手任何文件歸檔，也沒有扣留公文。部份綠營人士痛批，這是莫須有的指控，只是為了選舉操作。

由於民進黨今(30)日將召開中執會審查總統參選人的資格，角逐總統初選的蘇貞昌也遭總統府指控未歸還檔案並移送監院，府方的出手時機與政治動機均引人聯想。

前總統府辦公室主任林德訓表示，行政院送到總統府的公文會經過收發，他們通常是從收發室統計，總共收到多少封公文，如何去查詢有否歸檔，因為公文會退到行政院，不能從收發件數就去推論，應該要從各部會去查有無簽上去但沒有退下來的。

此外，前總統府副秘書長林佳龍在2000年與2008年都參與過總統府的檔案移交，他說，民進黨政府在2008年移轉給馬政府的公文檔案，絕對比國民黨政府2000年移交給扁政府的還要多。

前總統府副秘書長陳其邁也表示，他當時都依規定辦理，並沒扣留任何文件。陳其邁說，公文往來都有文號可查，總統府的胡亂指控，是對綠營前朝的針對性動作。