總統府經過2年多清查文件歸檔情況後發現，包括前總統陳水扁、前副總統呂秀蓮、歷任正副祕書長以及前府方官員共17個辦公室，收文共3萬8924件，竟有3萬6292件公文及外交秘抄不知去向。據悉，馬英九總統因此震怒，指示要依法究辦，全案已移送監察院查辦。
總統府29日晚間表示，民國97年9月25日，最高法院檢察署特別偵查組搜索前總統陳水扁辦公室，扣押證物44箱，發現其中有自總統府攜出的公文或屬公物文件，明顯有總統府文件外流情事。
總統府表示，經過2年多逐一清查比對，發現在民進黨執政時期，包括前總統陳水扁辦公室、副總統呂秀蓮辦公室，以及正副秘書長等五長辦公室的收文記錄與檔案科歸檔編目資料，大量公文不知去向，總歸檔比率竟只有6.76%，其中如陳水扁前總統辦公室、林佳龍副秘書長辦公室，歸檔比率竟不到1%。
總統府指出，民進黨執政時期，正副總統及正副秘書長辦公室等總計收文3萬8924件，其中，外交部秘抄2萬5398件，僅64件歸檔，2萬5334件不知去向；一般公文1萬3526件，僅2568件歸檔，1萬958件不知去向。
總統府發言人羅智強表示，總統府內公文不翼而飛，馬總統相當重視也非常憤怒，對前總統府高階首長辦公室破壞國家檔案法制、濫權違法、怠惰失職的離譜行徑，認為須依法究辦，總統府已將全案移送監察院調查。
據了解，這次將送往監察院調查的名單包括前總統陳水扁、前副總統呂秀蓮、前總統府秘書長蘇貞昌、邱義仁、陳師孟、游錫堃、陳唐山和葉菊蘭等。
