在日本大地震發生後，馬英九總統和行政院長吳敦義立即趕到中央災害緊張應變中心，進行1級開設，並在晚間6點30分各警戒地區全部取消緊急應變中心的開設後，馬英九及中央團隊也離開中央災害緊張應變中心，6點40
分由內政部長江宜樺和交通部長毛治國取消中央災害緊張應變中心開設。
毛治國表示，今天傍晚5點40分開始，觀察到的日本海嘯所引起台灣的海水位差，最多12公分，大部分在10公分左右，而之前東線鐵公路交通停駛部份，鐵路於5點停駛，6點20分恢復，公路也在6點半恢復，而台灣目前到日本的旅遊團共有37個計1024人，經過聯繫之後全部平安。
馬英九指出，各縣市在下午3點鐘之後進行防災準備，有的要求提前下班、放學，勸離遊客，並且要求漁民、漁工上岸，這些做法非常正確，雖然這次因為距離遠的關係，海嘯沒有那麼大，但應該要採取「料敵從寬、禦敵從嚴」的態度，即使沒有造成大的傷害，就把它當成是一次防災演習，誰也不知道以後會不會在台灣附近發生，應該做好相關準備，地方和中央政府相互配合支持。
馬英九說，日本下午1點46分發生地震，規模達8.9，氣象局發布東海岸海嘯警報，影響時間從原本的5點半延後7、8分鐘，相關單位已進行準備，必要時派出救援團隊。
馬英九說，在日本地震發生後，他很快與行政院長吳敦義聯絡，儘快通知各單位，就算只是警戒，也要把所有程序走完一次，萬一以後有類似情況，可以立即防範。
馬英九認為，地方政府應變逐漸有章法，也知道該做什麼事，接到訊息之後，不待中央指示，就會進行防災，這是一個進步的做法，軍方也是不待命令，進行戒備狀態，值得肯定，過去兩年來採取超前部署、隨時防救的做法，變成標準作業程序，將來對於災害防救會比較得心應手，減少損害發生。
馬英九並在中央災害緊張應變中心與5個縣市舉行視訊會議時，包括宜蘭縣和新北市都提到，已將中國漁工安置上岸，避免造成任何傷亡，這項作法也獲馬英九讚許。
