針對今〈7〉日立委與台北市議員召開記者會質疑「花博破壞圓山遺址」一事，台北市文化局出面澄清，花博並未於圓山遺址內大興土木，園區內之展館均利用現有建築修整，花博所需景觀工程是先於遺址表面上覆土後施作，絕無破壞員山遺址，北市文化局也將審慎監管圓山遺址。

文化局副局長陳冠甫表示，圓山貝塚遺址於民國80年就有單位於遺址上進行覆土後施作工程，目前花博於圓山遺址上所施作工程皆在20年來累積的擾動層上施作，並無直接接觸貝塚遺跡。

台北市文化局表示，為保護圓山遺址，圓山公園區在民國89年開闢時，及採全面覆土40公分，再加草皮綠化保護。花博工程動工後，該區施工皆依文建會核定圓山遺址管理維護計畫的保護區土地開發限制規定。

陳冠甫表示， 花博工程作業幾乎都是在擾動層上作業，降低工程侵入遺址部分，開挖前先做探勘動作，確定有無破壞古蹟。