2021年新冠疫情爆發，慈濟基金會著急購買BNT疫苗，遭彰化律師公會前理事長陳昱瑄夥同互道宗教組織李世宗家族，以代購疫苗為由詐騙10.6億元顧問費，檢調追查金流及通訊紀錄，證嚴法師早在交易拍板前便提醒防範詐騙，但執行長顏博文堅持不可能被騙，並以還在談判中，相關細節不能曝光回應。檢調認為，這筆金額早就引起內部爭議，最終仍全額給付，不排除可能有內鬼協助，全案持續調查中。

檢警調查指出，慈濟當年採購BNT疫苗過程中，時任衛福部長陳時中曾多次提醒民間單位慎防疫苗掮客及詐騙，基金會內部也陸續出現警訊，根據《鏡周刊》報導，2021年5月慈濟內部討論疫苗採購時，證嚴法師便曾提醒相關人員提高警覺，務必留意疫苗交易可能涉及的詐騙風險。

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同時慈濟基金會宋姓法務主任也指出，陳昱瑄準備用來簽約的鈺達公司資本額僅100萬元，但交易金額卻超過10億元，因此提醒執行長顏博文留意風險。不過顏博文強調不會被騙，並與陳昱瑄名下公司簽約，購買500萬劑疫苗，還支付陳昱瑄等人委任報酬3000萬美元，契約總額共2億500美元。

檢調追查對話訊息發現，證嚴法師曾在簽約期間對費用提出質疑，表示第一部分疫苗費用約40多億，已簽核；第二部分，支付給李易儒公司的接洽費及第三部分保存冷鏈等租賃費用，總額約55億，不解後面兩部分的來源。訊息中還提及「當時顏師兄提還不能曝光，都保密中，後面兩筆是顏師兄與李易儒談」等對話，顯見慈濟對於支付這筆鉅款並非完全沒有疑問，檢調單位懷疑本案恐有內鬼協助，目前全案仍在調查中。