日本與菲律賓日前表示，兩國決定在遵守相關國際法及《聯合國海洋法公約》前提下，啟動專屬經濟區（EEZ）及大陸礁層海洋邊界談判。對此，外交部今（3）日表示，已指示我國駐日本代表處及駐菲律賓代表處分別向兩國政府確認，日菲兩造未來相關協議談判過程及結果均不會影響我國依國際法及海洋法所享有之主權權利，也不影響我國與日本簽署之「台日漁業協議」及與菲律賓簽署之「台菲漁業執法合作協定」等既有機制之執行。

外交部指出，我方並再次向日菲兩國明確重申，中華民國台灣對領土及相關海域主權，以及依國際法與海洋法享有的主權權利不容質疑。鑒於日菲擬談判劃界的區域與我國東部外海專屬經濟海域高度重疊，我方再度呼籲日菲必須考量此一事實，充分考量我方權益，並就相關議題與我方進行協商。

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至於中國外交部於6月2日針對本案發表涉及我國主權之謬論，外交部再次重申，中華民國台灣與中華人民共和國互不隸屬，我方對日菲專屬經濟海域劃界談判之政策與立場，中國無權置喙，更無權代替台灣發言。

外交部強調，我國一向堅定維護國家領土主權與海洋權益，駁斥中國藉本案惡意操弄「一中原則」混淆國際視聽，企圖在國際社會營造對台擁有主權及對我國相關海域具管轄權之錯誤印象，更不允許中國妄圖透過所謂海巡執法及軍力投射等行為破壞區域和平穩定。

外交部將持續密切關注相關發展，並與日本及菲律賓保持溝通，確保我國海洋權益及漁民作業權益獲得充分保障。