日本與菲律賓日前發布聯合聲明指出，兩國決定在遵守相關國際法及《聯合國海洋法公約》前提下，啟動專屬經濟區（EEZ）及大陸礁層海洋邊界談判。不過，國民黨團痛斥賴政府喪權辱國，對外交只會跪。對此，外交部今（2）日表示，我國領土主權及依國際法享有的主權權利不容質疑，不過，考量日菲談判劃界海域和我國專屬經濟海域高度重疊，我方將請日菲不應排除或損及我國權利與利益，並與我方進行協商。

外交部今召開例行記者會，對於日菲談判是否會影響台灣經濟海域權益，外交部發言人蕭光偉回應媒體表示，日本和菲律賓目前尚未公布劃界範圍，外交部已經責成相關駐外館處，洽請駐在國政府提供聲明所稱海域劃界的詳情。

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蕭光偉指出，有關於外界關注我國專屬經濟海域權益，外交部重申，我國領土主權及依國際法享有的主權權利不容質疑，政府已經注意到日本內閣官房長官對外表示，日菲協議對第三國沒有拘束力的談話，日菲雙方無意影響我國東部海域的相關權益。

不過，蕭光偉表示，考量到日菲談判劃界海域和我國專屬經濟海域高度重疊，我方將請日菲兩國在過程中必須要考量此一事實，不應排除或損及我國權利與利益，並與我方進行協商。 

蕭光偉也說，由於我國和日本以及菲律賓分別簽訂台日漁業協議及台菲漁業執法協定，我國將持續和日本、菲律賓，在既有的協定基礎上持續就海事議題進行協商，以保障我國漁民的權益。

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蕭光偉並指，外交部也注意到中國政府藉此一事件在我國東部海域以展示武力的方式，破壞區域和平穩定。他強調，我國絕不接受中方藉本案伺機訴諸所謂一中原則謬論，並妄圖以投射軍力以及主張管轄權方式，將台灣東部海域內海化。