前檢察總長邢泰釗任期於7日屆滿，賴清德於3月13日提名徐錫祥為檢察總長，但立法院於5日否決人事案，之後賴清德指定徐錫祥代理檢察總長。民間司法改革基金會表示，總統指派被立法院否決的最高檢主任檢察官徐錫祥代理檢察總長，等同變相架空人事同意權，且指定代理缺乏法律依據，存有高度適法性疑慮，籲總統收回成命。
司改會12日發表4點聲明指出，首先，總統指定遭立法院否決的人選代理檢察總長，已架空了國會同意權的制度。從國會的角度來看，這是將代理制度作為一種政治籌碼，有逼迫國會不得不接受的效果。更甚者，如總統未來遲不提名新的人選，將對制度造成實質破壞。
當前熱搜：時力秘書長大談地方「黑金」 自曝時力曾回絕「500萬以上」 買不分區
司改會續指，其次，將代理制度作為政治籌碼，將損害檢察公信。總統若透過指定代理繞過國會審查，等同於在憲政體制上開了一個「後門」，讓總統能單方面決定檢察體系的領導者，縱使此一人選已明確遭國會否決。一位被民意機關明確否決的人選，仍令其強行代理，將背負著政治安插的負面標籤。
司改會接著提到，第三，「檢察總長任期屆滿時，如何指定代理人？是否得由總統指定？」現行法律皆無明文規定。過往固然曾有代理檢察總長的前例，但這些前例皆無法律授權，是否適合繼續援引，法律上並非毫無疑問。鑒於檢察總長一職的重要性，應有於法律中明定適當代理制度的必要。
司改會最後表示，過去總統指定代理檢察總長時，都是屬於檢察總長請辭而臨時出缺的情形，而非指定已遭立法院否決的人選，兩者非可相提並論，更無比附援引的餘地。總統指定甫經國會否決者代理檢察總長，欠缺民主正當性，恐創憲政惡例，鄭重呼籲賴清德收回成命，也建請相關機關推動修法補正法律漏洞。
