花蓮馬太鞍溪堰塞湖引發多次溢流，讓不少人關心堰塞湖壩體及水體後續處置，根據林保署花蓮分署的最新評估，堰塞湖蓄水量減至約53萬噸，壩體結構無異常，兩側邊坡無崩塌，但上游崩塌區仍存近2億方鬆動土方，如果要完全去化土石，預估需10至20年的時間。

根據林保署的最新評估，截至11月12日，堰塞湖蓄水量減至約53萬噸，壩體結構無異常，兩側邊坡無崩塌，下游水位正常。然而，此次潰決後仍有約1億1,000萬方的土砂殘留，而上游崩塌區仍存近2億方鬆動土方，因此雖然目前河道暢通，大規模潰決的可能性下降，但仍不排除未來若遇豪雨或震動，仍有可能再度發生崩落，並形成新的堰塞湖。

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對此，林保署規劃短期與中長期治理措施，短期治理會在非汛期間，機具沿溪床至壩體進行降水作業，開挖溢流水道維持通水能力，但因鳳凰颱風影響現地條件改變，刻正評估研議中；另外還會針對不穩定邊坡進行草籽撒播，以減緩表土流失，預計在年底前完成。

中長期的部分，將於下游河谷設置臨時攔砂壩或攔石網，阻擋土砂瞬間大量下移，同時水利署堤防加高與補強工程，進行深槽疏濬，以提升馬太鞍溪整體通水能力，由於堰塞湖與上游崩塌區的土砂巨量，因此專家預估完全去化需10至20年的時間，林保署花蓮分署將規劃分年分期疏濬。