針對民眾黨立法院黨團主任陳智菡於網路直播指出，前主席柯文哲用政治獻金賸餘款支付部分基金會與公司員工薪資，早有法務部回函認定，屬「合法支出」，卻遭北檢回稱，陳智菡指的法務部回函是北檢交給調查局北機站調查柯文哲案時，將調查情形函報本署，非法務部回函。民眾黨發言人吳怡萱砲轟，北檢新聞稿大玩文字遊戲，反而突顯北機站調查意見是「沒有違法」。
北檢發聲明指出，陳智菡所指「法務部回函」，是檢察官發交法務部調查局北部地區機動工作站，調查柯文哲政治獻金疑涉申報不實等案件，該站將調查情形函報北檢，並非「法務部」回函。而本案承辦檢察官偵查後，認柯的政治獻金賸餘款非直接支付予民眾黨相關黨工之人事費用，而是支付給木可公司、眾望基金會，再由木可公司、眾望基金會用於給付渠等員工薪資。
北檢強調，木可公司乃營利事業，眾望基金會乃公益法人，均與公職人員選舉無涉，故以政治獻金賸餘款支付木可公司、眾望基金會員工薪資，自不符合「參加公職人員選舉使用」之目的。況且，2024年1月總統大選結束後，短期內已無任何公職人員選舉，亦非屬支付擬參選人之人事費用，故涉有公益侵占之犯罪嫌疑，並提起公訴。至北機站調查意見，經檢察官依據調查結果，認於法不符，檢察官本於職權認定事實，適用法律，自不受該調查意見之拘束。
對此，吳怡萱於臉書發文強調，柯文哲委任律師陸正義在法庭上提示「法務部調查局」的研析意見來佐證：「政治獻金支付薪資，難認有違法嫌情。」結果北檢急著發新聞稿反駁，大玩文字遊戲澄清不是「法務部回函」，而是調查局「函報北檢」，再配合綠媒用「打臉」來製造鬆動標題，結果是什麼？
吳怡萱直言，結果是，大動作澄清反而再度突顯北機站的調查意見是「沒有違法」，而北檢明明收到的這個調查結果知道「沒有違法」，仍一意孤行就是要起訴。
