針對台南市議會國民黨團發言人蔡育輝等人質疑議會臨時會遭取消，以及要求賴清德政府和台南市政府追加20億元補助「重大災害賑災捐款專戶」，災害準備金墊付款提高金額到10億元，南市府表示，丹娜絲颱風造成重大災害，市府總動員前進第一線協助災民申請補助慰助金及其他災後復原工作，感謝台南市議會體諒，雙方有共識「現階段以搶時間災後重建」為優先，取消原訂24、25日召開的臨時會。

南市府並指出，今年編列災害準備金約有17億，0121楠西地震已用掉11.92億元，目前僅剩5.08億元，然而目前市府各局處所提列的社會救助經費、各公所所提列的搶救搶險經費，初估超過10億元，原編列之災害準備金難以因應龐大災損，因此，台南市政府一方面積極向中央爭取財源支援與組織人力，另一方面也向台南市議會提案增加「災害準備金」預算，協助災民重建家園，獲得議長邱莉莉及市議會支持，同意以墊付方式辦理。

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南市府強調，災害準備金只用於「公共建設」，不能用於災民的補償或救助金，本次風災，中央大力協助人力、物力以及資金，行政院核定一戶5-10萬屋損復原慰助金，將於下週馳援預撥款1萬戶相關經費。