國民黨立委陳永康等人提出《兩岸人民關係條例》第29條修正草案，要將金馬禁限制水域公告主管機關從國防部改為海委會，引發矮化主權爭議。對此，國防部今（13）日強勢回應，直言藉此「淡化主權」，將引發國際社會誤認我國「退讓主權」之疑慮。

國防部表示，中共長期曲解聯合國大會第2758號決議，主張一中原則、打壓我國際地位，宣稱對中華民國台灣擁有主權；另不當擴張其海警法及海上交通安全法之管轄範圍，片面宣稱「廈金海域不存在禁止、限制水域」，強行登檢我國觀光船，均違反兩岸人民關係條例之規定。

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國防部接著指出，國防部依兩岸人民關係條例第29條，公告台灣地區之「禁止、限制水域」，維持台海和平穩定現狀。部分委員提議將禁、限制水域改由海洋委員會公告，藉此「淡化主權」，將引發國際社會誤認我國「退讓主權」之疑慮。

國防部強調，中共近年藉由「聯合戰備警巡」等活動，對我實施針對性軍演，破壞兩岸和平及我主權存在之事實，均屬「歪曲法律、消滅主權」之例證，此次修法建議，將對國際社會釋放錯誤訊息，國防部不表認同。