海基會董事長鄭文燦上任僅一個多月就因桃園市長任內涉嫌貪汙收賄遭到逮捕，6日遭檢方聲押，桃園地方法院羈押庭裁定500萬元交保，限制住居、出境、出海。外界關注鄭文燦接受調查是否會有停職處分、海基會是否會召開臨時董事監事會？至今情勢不明。有媒體報導引述知情人士說法直指「鄭文燦一旦去職，吳豐山會是最可能的海基會董事長人選。」
據了解，鄭文燦所涉弊案是「變更林口特定區計畫—工五工業區擴大方案」，該計畫區外圍有9.5公頃農地欲申請自辦重劃，楊姓男子等人推動組成重劃會，希望納入擴大方案，但因為是農地無法納入，於是透過廖姓男子交付500萬元行賄鄭文燦，疑因事後未成，一年後退回款項；桃園地院羈押庭今歷經2小時，最後裁定鄭文燦500萬元交保。
媒體報導指稱，外傳賴清德就職前安排人事時，原先屬意由曾擔任自立晚報社長及監察委員的的吳豐山出任海基會董事長，但當時仍在任的前總統蔡英文在不知情下建議，應多加善用鄭文燦，讓鄭文燦當海基會董事長「對兩岸有幫助」，而若讓任何獨派人士就任，會有爭議。
根據風傳媒報導，知情人士透露，總統賴清德在520前後布局國安和內閣人事時，原本屬意「台南幫」的吳豐山接任海基會董事長，沒想到居然被中途攔胡。公開資料顯示，吳豐山曾任《自立晚報》總編輯、社長，公共電視台董事長、兩度當選「國大代表」，2006年前總統陳水扁執政時任行政院政務委員、2008年前總統馬英九提名通過出任監察委員。
知情人士指出，在4月上旬，賴清德就已向吳豐山徵詢，雙方已講好由吳豐山接任海基會董事長，沒想到突然殺出程咬金，在行政院長卓榮泰4月16日公布第三波內閣人事當天被中途攔截，蔡英文強力主張要由鄭文燦接任海基會董事長，作為他日東山再起的跳板。
知情人士續指，賴清德與鄭文燦之間的心結甚深，賴清德覺得鄭文燦跟太多不該接觸的人來往，關係搞得太複雜。且最近一次桃園立委選舉民進黨全軍覆沒，賴清德認為鄭文燦應該要為此負起責任。對於「被攔胡」，賴清德雖然心裡有所不甘但不得不妥協。隨著鄭文燦涉貪案曝光，該人士研判「鄭文燦一旦去職，吳豐山會是最可能的海基會董事長人選。」
