雲林溪早期以河岸景色綠意優美聞名，但隨都市發展後將雲林溪加蓋成停車場，雖暫掩臭味，不過，也同時埋掉在地民眾的共同回憶，為重新喚起民眾對於雲林溪的記憶，促進河川再生，環境部在105年起啟動雲林溪污染整治工程，其中，最後一張拼圖「雲林溪整體景觀工程」也於今(3)日完工啟用，除了改善雲林溪的水質，更成為雲林的新地標。
環境部從105年起補助雲林縣政府規劃設計計畫，並在107年「前瞻基礎建設計畫－全國水環境改善計畫」核定補助縣政府辦理雲林溪污染整治工程，全部核定工程總經費新台幣10億8542萬元，環境部補助82％計8億9004萬4000元，其中，本項景觀工程為1億5804萬7143元，環境部補助1億2,959萬8,656元，而該工程於108年3月26日動土。
整項計畫依據工程上下游性質及區位，污水截流淨化工程主要是收集大學路上游之生活污水，輸送至每日可處理1萬5,000噸之礫間水質淨化場處理，處理後之乾淨水體將重新放流至雲林溪，並於雲林溪兩岸污水排出口設置截流井及箱涵，將晴天的污水導引至下游端斗六水資中心進行處理，以確保雲林溪位於市中心之河段皆為清淨水質，改善水質問題。
為積極改善水環境，環境部近年來除補助雲林縣政府進行水污染源稽查管制、河川巡守、污染源總量管制等工作，並推動北港溪、雲林溪、虎尾排水及崙背排水等河川水質改善工程，未來仍會將持續協助雲林縣政府辦理河川整治與水質改善工作。
環境部薛富盛部長也表示，環境部會持續與地方政府合作，透過現地水質淨化處理，逐步改變都會區河川水質，成為水質改善、環境教育、休閒遊憩及生態保育之場域，開啟河川水環境清淨、安全、舒適的休憩新風貌。
