今有媒體報導，因地方政府限制高端疫苗進校園，高端疫苗只能在醫院接種，但有些民眾不願打高端，造成醫院因有疫苗庫存無法再跟疾管署訂貨，導致接種進度緩慢。疾管署對此澄清，今年度公費流感疫苗接種進度較去年同期增加約13.6萬劑，上述報導並非事實。
疾管署表示，今年公費流感疫苗於10月2日起開打，截至10月18日止，公費流感疫苗已使用約226.3萬餘劑，接種進度較去年同期212.6萬劑，增加約13.6萬劑。而往年公費流感疫苗多在開打前幾週打氣最好，今年也是，雖然今年國慶連假較去年長，讓施打的人較少，但整體接種進度並無緩慢情事。
而目前公費流感疫苗4種廠牌疫苗採購量及比例分別為：國光生物科技股份有限公司349萬3,450劑(占50%)、賽諾菲股份有限公司192萬1,400劑(占27.5%)、台灣東洋藥品工業股份有限公司86萬4,630劑(占12.4%)、高端疫苗生物製劑股份有限公司70萬7,420劑(占10.1%)，疾管署表示，各地方政府衛生局皆按各廠牌採購數量的比例配送，再由各地方政府衛生局再做分配至轄區合約院所提供民眾接種，疫苗配送和施打系統資料顯示，各廠牌整體施打情形都差不多，而目前全國4,000多家合約院所獲得之疫苗廠牌，衛生局亦都適當分配，也沒有報導內容提到，因民眾想挑選施打廠牌，而無疫苗可打之情形。
疾管署呼籲，流感疫苗在國內外已有數十年使用經驗，國內上市之流感疫苗不論廠牌在保護力與不良反應發生率上均無差異，民眾可接種任一符合仿單適用年齡之流感疫苗。目前流感疫情仍持續，接種疫苗是預防流感最有效的方法，可減少流感併發重症風險、降低死亡率，請符合公費流感疫苗接種資格民眾儘早接種。
