前新竹市市長林智堅、行政院副院長鄭文燦的碩士論文接連被認定抄襲而被撤銷台灣大學國發所碩士學位，擔任兩人指導教授的前國安局長陳明通被校方認定有所缺失，但卻沒有被解聘，教育部後續處理其退休案，在本月(19)日突然針對陳明通退休案函復台大，據了解，教育部已審定同意陳明通辦理退休，才會迅速函復台大。教育部表示，有關陳明通教授退休案，因臺大已就其學倫案件完成審議程序，本部爰接續辦理其退休案，並於112年6月19日函復學校。
台大校長陳文章昨（28）日晚首度以台大教授的身分對外回應，認為陳明通確實有指導不周的責任，因為老師本來就該把關論文品質，即便每位老師都有不同的指導方法，但他認為，既然2位學生學位被撤銷後未再採取後續申訴，陳明通身為指導老師、台大老師，在指導學生上有責任，已毀損台大聲譽，應該主動出面向社會大眾致歉。
至於台大社科院長蘇宏達喊話公開審定審議書，陳文章則認為，台大不能違法，根據保密原則不予公開，更何況當事學生沒有異議，也沒有再申訴，論文被註銷、學位被撤銷都已經確定，審議書是否公開不影響原來判決，已不重要。
而陳明通日前則發聲明，主張林智堅並未抄襲，台大學倫會的判決是「世紀大冤案」，未來會繼續努力平反這項冤案。
