中國近幾年多次禁止台灣農產品或漁品進口，農委會被質疑並未在世界貿易組織（WTO）有所作為，對此，農委會否認表示，其實每次中國暫停台灣產漁品或農產品進口，都會依照WTO相關程序提出貿易關切，未來也將視中方回應，採取必要措施。
中國近幾年多次暫停台灣產漁品輸入，農委會主委陳吉仲表示，將至WTO提告，但有立委表示，根據行政院經貿談判辦公室網站上公告，我國以原告身分向WTO提出控訴案件中，並無農委會案件，認為欺騙國人。
對此，農委會澄清，自中國在2019年11月提出要求各國輸中食品企業必須註冊的相關規定草案，政府在透過兩岸管道未能獲得中方善意回應後，已依照WTO相關程序提出貿易關切；而之後中國2021年3月起仍陸續以不符合國際慣例與科學原則的理由，暫停我國鳳梨、釋迦等多項農漁產品進口，農委會也有多次向WTO申訴。
分別在2021年11月至今年3月共5度在「食品安全檢驗與動植物防疫檢疫」（SPS）委員會會議，以及2020年2月至今年3月共10度在「技術性貿易障礙」（TBT）委員會會議提出特定貿易關切，要求中方與我國進行技術性諮商，並請中國遵守SPS及TBT協定、符合科學原則與透明化規定、提供足夠資訊，以及改正相關措施，卻始終沒有獲得正面回應。
另外，依照WTO相關規範，會員間若有貿易糾紛，一般多先尋求雙邊管道解決，若有需要，再於相關委員會提出特定貿易關切；如仍未能獲得解決，再考慮是否訴諸爭端解決機制仲裁，而政府也多次透過雙邊管道及在WTO相關委員會提出特定貿易關切，要求中方改正，未來繼續視中方回應，採取必要措施。
