為了沿海地層下陷等問題，提升中部供水穩定，水利署在南投縣草屯鎮打造鳥嘴潭人工湖，但工程遭指挖出土方全都違法傾倒至附近的大肚溪，嚴重改變河道並破壞石虎、巴氏銀鮈等珍貴生命棲地。對此，水利署澄清，經水理評估計算，工程並無提高淹水風險，且設計的動物通道動物都有使用，周邊已發現19隻石虎，包含3隻定居個體。

對於鳥嘴潭工程會影響石虎及巴氏銀鮈棲地環境的指控，水利署表示，鳥嘴潭土方培厚重視石虎及巴氏銀鮈棲地環境，截至目前為止，鳥嘴潭周遭已發現19隻石虎，包含3隻定居個體，培厚區域的動物通道，目前每月仍持續有拍攝到石虎利用，且根據結果顯示，本計畫定居個體持續利用培厚區域的動物通道，後續將於培厚區域進行植生，增進生態補償。

另外，水利署中水局也表示，會持續參採巴氏銀鮈分布監測計畫成果報告，避開巴氏銀鮈喜好之辮狀流環境，並協助相關單位於距鳥嘴潭約10公里外之溪尾橋附近區域進行棲地回復，並持續與專家合作，將培厚作業提升烏溪中段河防安全，以消弭外界疑慮。