前副總統陳建仁因具備中研院特聘研究員身分，月薪上看新台幣 49 萬元，此次以「留職停薪」的借調方式出任行政院長，挨批因「不捨高薪」而未辭職、沒有為民服務的決心等。藍營諷刺，陳建仁這筆帳「算的真精」，思索一年後即卸任，完全沒有要虧的意思。
準閣揆陳建仁還未上任，此前護航高端等的爭議已充斥媒體版面。針對 49 萬高薪特聘研究員身分去留等質疑，中研院昨（28）日雖緊急出面滅火，稱依院方規定，經核准後借調期間將辦理留職停薪等，但仍舊引起藍營質疑。
根據中研院評議會此前通過的組織規程修訂，具諾貝爾獎級學者資格者，聘用為「特聘研究員」，不僅薪資幅度寬，退休俸更與一般研究員相當，待遇相當優渥，當時就被媒體形容為「李遠哲自肥條款」。
而針對此次陳建仁「終身特聘」引發質疑聲浪，國民黨立委李德維大酸，「佔了這麼多好職缺，且高薪的位置，是不是在想一年後即將卸任，又要回任中研院高薪特聘研究員呢？」
國民黨北市議員游淑慧今（29）日也於節目上痛批，陳建仁出任閣揆是以借調的方式，「這筆帳算得很精，完全不願意虧，借調是怎麼樣，就是除了原本的職位、薪水都凍結在那邊，一直保留給他，過去的年資未來也可以繼續累積，這多好啊」。她批評此次內閣改組「換湯不換藥」，「簡單來說就是，該走的人沒有走，不該來的人來了」。
