新任行政院長確定由前副總統陳建仁接任後，其中研院特聘研究員身分安排也備受關注。對此，中研院表示，總統府已於 27 日來函借調，借調期間應辦理留職停薪，將依規定完成借調程序後，函復總統府。

繼卸任副總統一職後，陳建仁重回中研院出任特聘研究員，由於陳建仁即將就任行政院院長，關於特聘研究員身份將如何安排也引發各界關注。對此，中研院人事室表示，陳建仁院士現為本院基因體研究中心特聘研究員， 總統府已來函借調陳院士擔任行政院院長。

依中研院規定，研究人員經所屬單位所務會議或中心業務會議通過，並經核准，得借調至政府機關服務，借調期間應辦理留職停薪，並在借調機關支薪。中研院將依規定完成借調程序後，函復總統府。