調查官余正煌指控新竹市前市長林智堅抄襲論文案，已經進入司法程序，不過關於論文抄襲爭議，旅美大學教授翁達瑞再於臉書上提出證據，直問：「余正煌說了實話嗎？」他聲稱手上握有檔案名稱與余正煌的論文題目一模一樣、卻是他人撰寫的文稿，建檔日期甚至比余正煌的還早，因此列出至少5點疑問，質疑余正煌、余的律師與台灣大學的學術倫理委員會。
翁達瑞在臉書表示，余正煌與林智堅涉入論文抄襲疑雲，這是學術爭議；如今余正煌又提告林智堅侵犯版權，這是司法案件，無論學術或司法這兩個領域，「誠實」仍是基本的言行規範。
余正煌告了林智堅後，透過律師發表一篇聲明，表示論文都是余自行撰寫完成，「不存在任何部分為抄襲林智堅所稱『公版』之情形」。
針對此點，翁達瑞提出他手上他人撰寫的文件顯示，檔案名稱與余正煌的論文題目一模一樣，而建檔日期是2016年1月2日、最後修改日期是2016年1月5日，比余正煌碩士論文主題「林智堅勝選的政治社會基礎」，完成於2016年7月還早。
翁達瑞還提出，余正煌論文的第16頁有兩段文字，標題是「研究對象與資料來源」和「分析工具」，中間有一張表格；巧合的是，他的手上這份文稿也有雷同的文字與表格，而同樣的情形也發生在余正煌論文的第34頁、第49頁，也有雷同的文字與一樣的表格。
根據翁達瑞比對的結果，他向余正煌、余的律師以及台大學倫會發出強烈質疑，表示「為何我都拿得到的文件，台大的學倫調查卻忽略了」？既然不是余正煌「全部自行撰寫完成」，余的律師還「代發不實聲明」，而最嚴重的是，台大的學倫調查「忽略關鍵證據」。
因此，翁達瑞直問：「余正煌有說實話嗎」？他表示他的答案是「沒有」！甚至直指這起「學術爭議」與「司法案件」源頭，就是沒有說實話的余正煌。
翁達瑞自稱比對余正煌論文（左圖）與第3人的論文（右圖）雷同處，不只一頁。 圖：翻攝自翁達瑞臉書/新頭殼合成
