聯合報今(2)日報導指出，民眾黨新竹市長候選人高虹安當選後，資策會卻發生疑似秋後算帳風波，高虹安在資策會的直屬主管、軟體研究院副院長洪毓祥遭「拔官」，成為光桿的資深研究員。對此，資策會下午發表聲明指出，洪毓祥係因其長期兼職未依該會規定申報，該會自10月以來截至目前為止，僅有對高虹安提起司法訴訟，並未對洪毓祥提起司法訴訟。

資策會前天人事公告，宣布「軟體技術研究院蔡澤銘技術總監升任副院長一職，洪毓祥副院長轉任數位轉型研究院資深研究員，自今年十二月一日起生效」，引發熱議，媒體報導指出，還有人透露，上月初，洪毓祥曾透露自己選後會被弄掉，理由是「補習班兼職」。高虹安也表示，聽到她十多年前的前主管洪毓祥在選後遭清算、拔除管理職，她感到不可思議

資策會下午發出聲明指出，該會於今年9月28日知悉洪毓祥長期兼職但未依該會規定申報後，於10月1日先卸任其代理院長一職，12月1日免除其主管職務。此為該會人事安排所需的溝通及作業時程，並無所謂選後追殺的議題。

資策會也強調，該會自10月以來截至目前為止，僅有對高虹安提起司法訴訟，並未對洪毓祥提起司法訴訟，且該會近兩日亦未對此議題接受媒體採訪，期盼各界勿做不當揣測。