九合一大選落幕，衛福部長薛瑞元27日出席台灣癌症基金會「台灣癌症基金會25週年感恩茶會暨10大抗癌鬥士頒獎典禮」，會前接受媒體聯訪時提到，選舉順利辦完，是防疫成功所帶來。選民返鄉人群南來北往，對疫情波動的影響受到關注，若造成影響，將會在幾天後觀察出來。

有學者認為，前衛福部長陳時中參選台北市長落選，壓倒駱駝的最後一根稻草是薛瑞元的發言。薛瑞元回應，內部已經在進行檢討，不方便評論，看到開票結果，與其說不捨，應該是遺憾，但防疫團隊3年的努力，不會因選舉一時失利就被歸零抹煞，能把選舉順利辦完「何嘗不是防疫成功所帶來」。

被問及是否認同戰犯說法，以及疫苗掮客說也被外界認為很傷選情，薛瑞元先是笑了幾聲並表示：「說戰犯，我沒有意見」，希望外界不要這樣問，讓他掉進陷阱，戰犯不是由他認定、回答是或不是，如果必須要負起某種政治上責任，他不迴避。請辭衛福部長與否，需要內閣整體考量，由上級決定。

外界不解為何過去脾氣好的薛瑞元當上部長後脾氣比較衝，頻頻「語出驚人」，薛瑞元強調，只是說實話，在某種情形下挺身而出，替政策或防疫團隊辯護，還沒與陳時中聯絡，是否考慮延攬陳時中回衛福部，也不是他能決定的，未來中央、地方會一起合作，將與台北市長當選人蔣萬安把事情做好。