政府逐步放寬邊境管制，但便利金門與馬祖民眾往來的小三通卻還未復航。在中國台商15日組團考察廈門五通碼頭，認為復航條件已成熟、完備；中國國台辦今（16）天表示，中方對恢復小三通沒有任何障礙，兩岸業者可處理具體問題而復航。陸委會回應，小三通船舶往來，需取得兩岸雙方航管部門許可，涉及公權力事項，非航運公司可自行決定。
陸委會進一步指出，小三通議題涉及公權力，小三通船舶往來，需要取得兩岸雙方航管部門的許可，因此需要雙方航管部門溝通或相互配合，小三通才能實際執行。有關小三通船舶往來，台灣主要的規定是在「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」。
陸委會續指，長期以來有關小三通航班相關安排，航線管理及CIQS（通關、證照、檢疫、安全的單位）港口實務運作配合事項，雙方已有既定聯繫機制，因涉及運量對等考量及公權力事項，一向是由台灣交通部航港局及陸方航管部門負責進行相關協調，非航運公司可自行決定。政府了解台商期盼小三通客運早日復航，並且重申重要節日啟動客運航班是可能的作法。
中國國台辦發言人馬曉光稍早於例行記者會上宣稱，恢復小三通客運直航，解鈴還需繫鈴人。2020年中斷福建沿海與金門、馬祖地區的直接往來是民進黨當局單方面所為，恢復時卻要求雙方進行「官方溝通」，這不是政治操弄是什麼？不是為拖延恢復而製造藉口、甩鍋大陸是什麼？
馬曉光提到，中方對恢復小三通沒有任何障礙，相信兩岸業者也沒有任何障礙。只要台方「撤除自己設置的障礙」，兩岸業者就可處理具體問題而復航。對於小三通復航議題，政府此前稱中國把CIQS全部關閉。為了解客運復航安排，廈門台協會長吳家瑩、莆田台協會長李木榮受立委陳玉珍委託，15日組團赴廈門五通碼頭實地瞭解碼頭的航運情況。
根據中央社報導，吳家瑩受訪時說，昨天考察時所有值機櫃台、海關人員、邊檢人員都在，後來前往到碼頭看往來小三通的船隻、船員都在，機器設備運轉都非常正常，復航條件都成熟、完備。陸委會一直強調要官方先協商，但當初小三通停航也沒有官方行文方式來停止，不具備官方要先協商的條件。小三通是常態機制，只需航運公司航班協調溝通，便可重新啟動。
陳玉珍受訪時指稱，金門民眾非常希望開放小三通，至少有7、8成希望馬上開放。她委託台商協會赴廈門五通碼頭實地瞭解小三通航線碼頭的航運近況，得知廈門在客運碼頭、運營船舶，及海關、邊檢、查驗、檢疫的工作人員及碼頭設施等小三通客運船班基本條件均已完備，隨時可以因應兩岸小三通客運的重新啟航。
