在選戰接近之際，中央流行疫情指揮中心團隊，衛福部長薛瑞元、疫情指揮官王必勝、指揮發言人莊人祥等人被拍到夜奔民進黨台北市長候選人陳時中競選總部。對此，國民黨台北市長候選人蔣萬安今（28日）抨擊， 衛福部現在已經成為第二個「資策會」。

對於為何夜奔陳時中的競選總部？薛瑞元上午於立法院回應表示，昨晚不算密會，只是下班後與陳時中約好，陳時中投入選戰百天，而他接任衛福部長百天，因此兩人互相約見面、談談百天酸甜苦辣期間並未談到高端、也未談及防疫等議題。

蔣萬安則質疑，衛福部說只是老朋友見面，你們相信嗎？陳時中說不會去干涉衛福部的醫療政策，你們相信嗎？這已經不只是行政不中立的問題，而是現在衛福部已經成為第二個資策會、第二個農委會，陳時中已經成為「太上衛福部長」。

蔣萬安表示，昨天衛福部密會陳時中，到底是套招，還是要報告什麼不可告人的事情，衛福部與其硬拗，不如薛瑞元就老老實實把疫苗採購的過程向國人好好交代。

另就高端疫苗成為眾矢之的，蔣萬安更質疑政府護航高端，王必勝昨反擊，稱此舉是烏龍選舉操作，「急難中什麼都沒做的人，在對拚命為國為民做事的人無端指涉、狂批濫打」。 蔣萬安則回應，衛福部現在成為第二個資策會，官員夜奔密會陳時中，當陳時中的打手、講這樣的話，跟資策會不斷放話打擊高虹安是一樣的，所以衛福部已經成為第二個資策會。