前中研院院長李遠哲今（12）日接受網路節目專訪，針對一直以來的教改成敗爭議，他強調，廣設大學跟高中不是由教育改革審議委員會提議，而是民間教改團體所提出，而且當時因為政府沒經費辦好的學校，所以希望設立好的高中跟好的大學，而不是浮濫設立。他也回憶，自己過去跟前總統李登輝的關係很好，無事不談，但「1996年選總統時，李登輝看到民調不好，又發現外界批評我時，民調就會很高，便想邀我擔任行政院長，但自己拒絕邀約，那時李登輝就非常生氣，從那時開始，對我就非常不友善。」
李遠哲說，台積電董事長劉德音還沒接任董事長一職時，曾向他表示教改很不錯，而廣設大學跟高中不是由教育改革審議委員會提議，而是民間教改團體所提出，後來才知道原來劉德音也是美國柏克萊畢業的校友。至於有監察委員先前說要調查教改工作，要求他到監察院出席備詢，但自己並沒有為了教育，用政府預算做任何事，只是在諮議委員會中提出看法，為何要到監察院接受審查？後來詢問大法官此事，大法官也說，如果去了就鬧了憲政大笑話。
李遠哲表示，教育改革審議委員會走訪全台，與很多人、老師一起討論，後來提供一些建議，包括教育鬆綁、普及等，要用來做「質」的提升，但廣設大學跟高中不是我們的提議，而是民間教改團體所提出，當時講得也沒錯，因為政府沒有經費辦好的學校，所以當初是希望設立好的高中跟好的大學，而不是浮濫設立。
李遠哲指出，談到教改就要說到前總統李登輝，自己過去跟李登輝的關係很好，無事不談，「但在1996年選總統時，李登輝看到民調不好，又發現外界批評我的時候，民調就會很高，便想邀我擔任行政院長，但自己想從事科學工作，因為政治工作做很多事情都要妥協，我並不擅長，所以拒絕邀約，那時李登輝就非常生氣，從那時開始對我就非常不友善」。
李遠哲回憶，「因此，當教育改革審議委員會報告書送到李登輝辦公室時，他下面的人就批評我是要把台灣教育連根拔起，那時感到很失望又難過，也有很多人不諒解我為何不當行政院長，甚至在後來有次音樂會上，我跟李登輝打招呼，他連理都不理我，但還是很尊敬李登輝對台灣民主化做的努力，不過，自己仍不能諒解，為何不當行政院長，他就這樣處理我」。
李遠哲接著提到，過去在南港區有位黑道大哥要選舉，聽到時感到很可怕，因為當時多席次的複數選舉，只要拿5%就可以當選，得知這個消息後，便跟李登輝報告此事，「但李登輝要我不要管這些事，做好學術就好，原先以為那位黑道大哥不敢選，因為前科很多，可能會被抓去關，但沒想到後來黑道大哥竟然選上了，而且發現到總統大選時，那位黑道大哥反而變成李登輝的樁腳，所以自己跟李登輝的關係也急轉直下」。
