中央流行疫情指揮中心過去曾表示，疫苗採購合約被列為密件，將封存30年，遭外界質疑是黑箱作業，而今(6)日衛福部長薛瑞元於立法院接受詢答時表示，30年為公文保存的必須年限，至於各疫苗的價格保密年限，高端和AZ疫苗為5年、Novavax疫苗為7年、輝瑞BNT疫苗為10年，莫德納不同意設有期限。

立法院財政委員會今日邀請審計部、行政院主計總處、衛生福利部、經濟部等就「COVID-19疫苗及冷鏈之購買、廠牌、價格、劑量、施打及相關預算執行情形與效益」進行專題報告並質詢。

根據疾管署提交的專案報告中指出，截至9月30日止，新冠肺炎疫苗採購等相關經費執行約新台幣498億元，包含疫苗費、冷鏈物流配送費、接種處置費、針具、預防接種受害救濟金等疫苗採購費435億元以及施打作業費約63億元。但報告書中也指出，採購金額涉及合約保密條款，則未提供。

對此，薛瑞元指出，過去外界質疑的疫苗採購資料被列為密件將封存30年，只是公文保存的必須年限，至於與各家疫苗廠各自簽定的價格保密合約，薛瑞元表示，高端和AZ為保密5年、Novavax為保密7年、BNT則為保密10年，而莫德納則不同意有保密期限。

至於違反疫苗價格的保密合約可能會有什麼後果，薛瑞元則表示，如果違反保密條約恐會涉及損害賠償，並且失去誠信，以後該藥廠和我國政府的國家採購會有困難，也可能導致後續會有無法直接購買的問題。