台北市市長參選人陳時中10月1日成立競選總部時，副總統賴清德站台時一句「台北市是疫情的開始」引發在野黨熱議。今在疫情記者會上， 指揮中心指揮官王必勝表示，他把賴清德那一整段發言看完，他認為賴清德是站在對台北市市民的體恤說出這番話，「並不像媒體報導的那樣」。

王必勝表示，賴清德那段話有點被斷章取義，他還原當天賴清德說法，指出當時賴清德說明，台北市人口比較稠密，疫情發生比較早，民眾首當其衝，是站在對台北市民的體恤，並不是像其它媒體報導這樣。

另外對於台北市市長侯選人蔣萬安批評指揮中心已淪為陳時中第二競選總部一事，王必勝表示，這件事他回應過很多次，他再度強調：「指揮中心是全民的指揮中心，沒有分黨派，也沒有特別政治立場，也沒有特定支持特別的候選人。」他再度強調，如果外界若再有影射指揮中心相關業務言論時，自己也會針對相關內容做釐清，「這也是我們的責任」。