在行政院宣布10月13日開放國門後，中央流行疫情指揮中心是否退場的問題也受到廣泛議論，對此，衛福部長薛瑞元今（1）日表示，指揮中心是否裁撤要看疫情發展狀況，更何況現行的很多指引、命令還有藥品、疫苗、快篩EUA（緊急使用授權）等，都和指揮中心掛在一起，因此若是指揮中心被裁撤，相關的疫苗、藥品等全都必須銷毀，所以存續與否要好好考慮。
薛瑞元指出，指揮中心裁撤與否，決定權是在行政院上，但若以衛福部的立場來考量，指揮中心成立之後，有一些指引、命令還有藥品、疫苗、快篩EUA等等，都是和指揮中心綁在一起的，所以後面還有很多事情要做，如果真的覺得指揮中心的急迫性沒有那麼大是可以降級，但是裁撤茲事體大，就要好好考慮。
而指揮中心指揮官王必勝受訪解釋，部分快篩、疫苗、藥品緊急使用授權都必需要指揮中心存在才能使用，如果指揮中心解散，這些緊急使用授權就會立即失效，不能使用，且必須銷毀。
目前EUA相關法規是依據《藥事法》48-2、《特定藥品專案核准製造及輸入辦法》訂定，之所以期限會跟著指揮中心存在，是因為武漢肺炎疫情最初並沒有預料到會維持那麼久，像是SARS只有幾個月，武肺到現在已經接近三年。
而若這些疫苗、藥品獲正式藥證需要業者申請，也需要時間，但目前都沒有廠商申請，另外，疫苗廠商陸續推出次世代疫苗，但這些廠商不一定想來申請原始株疫苗的正式藥證，而次世代疫苗現在一定只能有緊急使用授權，因此指揮中心有一定存在必要，王必勝也苦笑說，他自己就是最希望指揮中心取消的人。
王必勝也提到，由於相關EUA和指揮中心同進退，就會有不確定性，目前朝兩方向來處理，第一是希望業者盡快申請正式藥證，第二就是由主管單位如疾管署、食藥署等提出EUA單位去明訂終止日期，這是重要收尾工作的一環。
