邊境即將於10月解封，外界不斷關心中央流行疫情指揮中心是否會跟進退場。對此，衛生福利部長薛瑞元表示，指揮中心解散要看狀況，國內疫情還沒有到低點，還有很多事情要做，可能沒有這麼快退場。

疫情逐漸趨緩，邊境也即將於10月13日解封，而外界關心指揮中心是否會隨邊境開放解散。對此，薛瑞元回應，需要看整體疫情狀況，10月13日是入境管制改為0＋7，但本土疫情還未到低點，指揮中心還有很多事情要做，可能沒有這麼快退場。

此外，專家也提出質疑，邊境都已經開放，指揮中心沒必要存在。薛瑞元對此直言，專家擔負的責任比較小，政府要負的責任比較大，不過會聽專家意見做為參考。