因近來指揮中心前指揮官陳時中參選台北市長，指揮中心過去做的決策，都被在野黨拿出來抨擊。國民黨台北市長候選人蔣萬安更轟：「陳時中和王必勝都是民進黨的小弟」，對此指揮官王必勝今在記者會上有一番回應。

因近來陳時中參與台北市市長選舉，不少他過去任內的政策，如疫苗採買、超前部署防疫策略等成為在野黨攻擊的目標。蔣萬安更轟陳時中和王必勝，都是民進黨的小弟。對此，王必勝表示，他是中央流行疫情指揮中心指揮官，「不是誰的小弟」。

他也強調指揮中心是為全民服務，是中立且不分黨派的角色。因這段時間有部分人士對指揮中心有批評或說法不當或有誤，王必勝認為自己有義務以指揮中心角色提出說明，這並不是為了特別的候選人，也不是替特別的政黨所做的事，他強調：「這個我要說明一下」。