曾自誇學歷如假包換的國民黨新竹市長候選人林耕仁，如今也深陷論文抄襲疑雲中，立法院民進黨團今（5）日召開記者會爆料，林耕仁過去在陽明交通大學的碩士論文《新竹市現況分析及未來發展建議－以治安、交通及觀光為例》，涉抄襲政府報告，複製貼上比例高達約60％。對此，陽明交大也做出回應，指一旦接獲檢舉，就會在120日內由學生學術倫理審議委員會作成具體結論。 

面對民進黨指控，林耕仁表示，當時歸納辦公室2008年至2010年的陳情案件，發現以交通及治安問題為最大宗，遂以「新竹市現況分析及未來發展建議─以治安、交通及觀光為例」作為論文題目，也因此文獻探討部分皆是針對政府資料進行分析，引用資料都是政府公開資訊，也都有註明出處。他反擊，民進黨現在是利用其一貫套路，試圖潑髒水，轉移民進黨台北市長參選人陳時中公廁廣告的輿論焦點，並拯救新竹市長參選人沈慧虹的低迷選情。

林耕仁強調，自己會主動將論文送至陽明交大學倫會調查，也會全程出席說明，全力捍衛清白。陽明交大校方今日出面回應，表示目前尚未接獲任何檢舉資料，故尚無法依據本校學術倫理案件處理要點處理之。但校方對於學術倫理案件都十分重視並審慎處理，若有檢舉案向陽明交通大學提出檢舉，將依規定迅速啟動相關處理程序。 

陽明交大提到，學術倫理與研究誠信辦公室一旦受理並核發案件編號後，將由形式要件審查小組確認是否成立檢舉案，如成立將交由學院籌組專業學術領域之調查小組，負責案件內容之釐清及處置建議，調查過程也會一併處理指導教授是否有監督不周。

陽明交大說明，調查處理時間係以陽明交通大學學倫辦公室接獲檢舉案件次日起算，於120日內須由該校學生學術倫理審議委員會作成具體結論。校方強調，調查期間不會主動對外說明任何細節。