疾管署採購的500萬劑高端疫苗，於今年3月全數到貨，食藥署共封緘566萬4743劑，不過今日卻被立委質疑高端疫苗交貨量和使用、庫存總量出現重大落差，逾78萬劑疫苗不翼而飛。對此，中央流行疫情指揮中心公布數據解釋，雖然食藥署總共封緘約566萬劑的疫苗，但是實際上疾管署只採購500萬劑，其餘未購買的66萬劑疫苗，是由高端公司自行運用。

根據食藥署官網記載，去年8月到今年3月，高端共交付45批次疫苗進行封緘，總數566萬4743劑，而疾管署實際採購的高端疫苗共500萬劑，去年6月通過緊急授權（EUA）前，高端表示會「免費贈送20萬劑」，依據合約端總供貨量應為520萬劑左右，等於「超供」46萬餘劑。

指揮中心也表示，截至8月11日累計接種297萬2,281劑，庫存量174萬9,914劑(含中央168萬8,982劑及地方6萬932劑)，另耗損量為12萬7,805劑(含屆期銷毀7,324劑，其餘為接種實務操作耗損、多劑型疫苗接種耗損等因素耗損)，捐贈15萬劑疫苗予索馬利蘭共和國，總數488萬1754劑，這與封緘數量落差78萬2989萬劑。

另外指揮中心解釋，其餘未購買的66萬劑疫苗，並未交予疾管署，而是由高端公司自行運用。