對於網路質疑林智堅7月30日下午公布兩個由指導教授陳明通emai的論文大綱與草稿，建檔日期都是30日當天，且轉檔軟體的作業系統竟是2022年才釋出的，林智堅競辦發言人黃韋鈞今(1)日受訪表示，這兩個檔案的確是最近才從Word檔案轉成pdf。主要是擔心釋出的檔案遭到外界修改，也同時便於保持原來的格式。
林智堅陣營7月30日下午將提供給台灣大學學術審定委員會的聲明與多個附件對外公佈。其中最能否證明林智堅的論文是否原創，則是2016年2月1日陳明通修改後寄給林智堅的論文的草稿與：「（附件二）2015年12月林智堅研究大綱.pdf」及「（附件三）2016年02月01日林智堅研究計畫草稿（封面時間為原先預定之計畫書口試時間）.pfd」。
只不過，網友指出這兩個檔案的時間與作業系統都有疑慮。新頭殼透過Adobe Acrobat Reader開啟，從其「內容」選項顯示，建檔及最後修改時間都是2022年7月30日上午9時40分。其中更關鍵的轉檔軟體的OS是Mac OS版本12.4則是2022年才釋出。
對此，黃韋鈞表示，這兩個檔案的確是最近才從Word檔案轉成pdf。考慮的就是Word檔案容易被修改、格式也容易跑掉，所以才對外提供pdf檔案。他也提供另一份完稿後的論文截圖說明，論文的時間原始的建檔日期是2017年1月24日。
至於外界質疑兩個檔案研究大綱與計畫草稿，黃韋鈞說，都有經過公證人公證過，無庸置疑。就是因為可能有類似質疑，相關的文件都有去台北地院民間所屬公證人公証，確認其法律效力。
林智堅指導教授陳明通2016年2月1日寄給林智堅的兩個論文草稿截圖，看得出都是word檔案 圖：林智堅競辦提供
林智堅提供的已完稿論文的建檔時間是2017年1月24日 圖：林智堅競辦提供
