因中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中已宣布參選台北市市長，他何時離開指揮中心？誰又將交棒指揮官的職務？對此發言人莊人祥表示，目前一級開設由行政院指派，陳時中「衛福部部長」或「指揮官」離任的時間，也將是由行政院決定。

因「衛福部部長」、「疫情指揮中心指揮官」陳時中已宣布將參選台北市長，民進黨會將在週三(13)通過提名，外界關切「衛福部部長」、「疫情指揮中心指揮官」將由誰接任？莊人祥表示，指揮中心只能回應疫情指揮官的部份，因目前一級開設由行政院指派，指揮官離任時間將由行政院決定，「相信行政院都會做最適當安排。」

而稍早莊人祥接受訪問表示，在陳時中離開前的這段期間，疫情指揮中心的指揮官仍然是陳時中，並且按照規定，一級開設的指揮中心，指揮官由行政院指派，並非指揮中心內部能自行選定接班人，因此不方便多加評論。