立法院院會上月30日審查關係前總統陳水扁國務機要費除罪化的「會計法第99條之1」修正草案，最後在民進黨的人數優勢下表決通過修法。對此，台北市長柯文哲表示：「政治問題政治解決，法律問題法律解決，但政治問題若用法律解決，就會變得很奇怪。」還稱「要處理應該六年前就要處理」，遭藍營抨擊：「遇到陳水扁就自動轉彎」。

柯文哲2日赴議會總質詢，國民黨台北市議員汪志冰質詢時針對陳水扁國務機要費除罪一事先問柯文哲「對貪汙態度為何？」柯文哲回答：「我們都抓得很兇，我們很嚴格，幾乎都會查辦到底」。汪志冰再問：「零容忍、深惡痛絕？」柯文哲回覆：「對」。

汪志冰接著指出，陳水扁說他等了16年，但全國老百姓也等了16年，結果立法院收拾爛攤，幫蔡英文總統擦屁股，因為蔡英文怕弄臭她的手不敢擦。柯文哲回應，國務機要費太複雜，特支費不要個案處理，應該用特支費一包處理完畢。汪志冰反問：「國務機要費可以用特支費等同其觀？」並直呼：「不要混為一談。」

對於陳水扁國務機要費除罪化爭議，柯文哲強調，政治問題要政治解決，法律問題要法律解決，但政治問題用法律解決，就會變得很奇怪，他也認為「這拖太久了，要處理應該六年前就要處理」。汪志冰則批評柯文哲「遇到陳水扁就自動轉彎，這是我對你觀察」。