因應社會大眾對於台鐵轉型改革公司化的期待，台鐵公司化條例草案於今年3月3日陳報行政院通過，提送立法院審議，台鐵工會於3月7日再提出工會版條例草案。而為了充分溝通協商，台鐵局於5月5日和工會舉行第5次協商會議，會後工會提出5項議題，台鐵局回應說明如下：
1. 民國92年的政府台鐵公司化承諾事項，為何於本次草案無法實現，卻強行送立法？
本次條例草案，交通部自去年5月起，多次召開跨部會諮詢會議妥為訂定，對於行政院92年公司化承諾事項均已實現，說明如下：
一、債務：短期債務由政府設立基金全部承擔(條例草案第十條規定)；舊制退撫金由交通部逐年編列預算支應(條例草案第十七條規定)，遞延負債逐年對列遞延收入處理(非實質債務)；日常性應付貨款循一般支付程序處理。公司成立時債務負擔歸零。
二、建設及維修費用：由交通部編列預算支應(條例草案第十九規定)。
三、政策性任務虧損補貼：由政府負責補貼(條例草案第二十一條規定)。今年度政府已針對小站及服務性路線虧損編列10.6億元全額補貼台鐵局。
四、與工會協商：交通部及台鐵局均積極與工會進行溝通協商，基於社會大眾對於台鐵轉型改革高度期待，條例草案經行政院於3月3日院會通過後，即提送立法院審議。
2. 為何台鐵改革不以安全為前提? 工會希望台鐵要有台鐵安全憲章，未來台鐵必須遵守最高安全標準。
台鐵改革以安全為前提，尚未公司化前交通部及台鐵局即推動臺鐵安全改革各項工作，包括落實安全管理、辦理各項設施軟硬體改善、依據鐵路法及鐵路行車規則監督台鐵行車運轉工作、積極推動SMS安全管理系統，以及透過鐵道局檢查員確認安全管理落實情形，並配合第三方安全評鑑，確認安全管理的有效性。
經查西日本旅客鐵路公司「安全憲章」(一頁聲明)，並未於公司設置條例中明定，目前台鐵局安全管理系統(SMS)已有類似制度，提出全局安全政策聲明，並分層分級執行風險管理等具體做法，均在台鐵局網站公告。
目前台鐵公司設置條例也參考工會版，於第二條第二項增列：台鐵公司對於營運安全具關聯核心業務應確實依相關法令規定執行；另第六條及第八條規定營運安全計畫要經公司董事會審議，呈報交通部核定，做為營運安全最高準則。
為讓安全改革更能落實，未來台鐵公司將在董事會設立安全委員會，由總經理直轄督導營運安全處及職安室，提升組織運作效能。設立品保室，以故障預防取代事故檢討，落實風險管理；設立地區營業處，加強橫向整合，下設營運安全科及職業安全衛生室，強化基層營運安全及工安管理。更將成立技術群，聘請安全、資訊及技術專業人才，建置安全系統設備、成立技術研發中心，並結合員工訓練中心，強化教育訓練，有效提升營運安全。
3. 為何台鐵改革，台鐵要失去軌道路線及各車站，都移交出去? 未來營運時，卻還得高額租回使用。
有關臺鐵資產7,360億分類及處理方式，均以永續經營及營運效能為目標，說明如下：(以去年資料為例)
一、非營業所需—國有非營業用：約228.59億元，屬非營業所需資產，歸還國產署。
二、非營業所需—移撥基金：移撥適足資產228億(台北機廠、E1E2、高雄港站)，由交通部加公務預算成立自償性基金，償還台鐵局債務1,484億。
三、營業所需—無開發價值之基礎設施：約3,399億元，佔資產總金額約46.18%，由政府以優惠租金提供公司使用，以減輕公司每年20億折舊負擔。
四、營業所需—具開發效益資產：約3,505億元，佔資產總金額約47.62%，由公司持有，未來透過多元活化利用，挹注收入，改善公司財務。
條例草案第九條已明定具有彈性之政府提供方式，包含作價投資、贈與、補助、出租或設定地上權等，可依最有利於公司營運之方式辦理。
4. 未來員工升資考試，外部機關是否承認? 如何辧理及保障？
台鐵公司設置條例第十五條第一項已明定，依原身分轉調台鐵公司者，其考試、任用、薪(俸)給、陞遷、保障、考成(績)、服務、獎懲、訓練進修、保險、退休、資遣、撫卹、福利、結社、勞動條件及其他權益事項，均維持現況。
5. 草案只說公司成立初期，絕不資遣任何員工，但對未來的員工制度及保障根本沒有著手，且沒有文字化。
台鐵公司設置條例第十三條第一項明定公司成立之日不能裁員，非常明確。未來視公司整體經營狀況，由董事會訂定相關人事規章，進行公司人力最有效的調派，這是組織跟公司治理的必要條件。經查港務公司、郵政公司及機場公司等3家公司，於公司化後從來沒有無故資遣員工情事。
