昨總統府舉辦元旦升旗典禮期間，發生台北市長柯文哲未被邀請入總統府，而是獨自一人站在戶外貴賓區罰站40分鐘吹風，邊觀看面的三軍儀隊演出，而被形容為「總統閱兵」的景象。雖總統府隨後說明原因，並請柯文哲見諒。但台灣民眾黨政治人物相繼抨擊總統府，柯文哲夫人陳佩琪今（2日）也透過臉書發文替柯文哲抱屈。
總統府發言人張惇涵說明，今年總統府元旦升旗典禮首次由五大醫事團體共同主辦，主辦單位加上領唱國歌的防疫英雄，在總統府內準備的人數，即已超過80位人員。因此，基於防疫考量，總統府在與主辦單位研議後，比照其他重要貴賓的方式，由工作人員導引，安排柯文哲先至活動場地就位，如有安排不周之處，請柯市長見諒，總統府也感謝柯市長今天的出席。
但對於總統府解釋，民眾黨立委蔡壁如抨擊，總統府「刻意」失格，會被世界笑。民眾黨發言人楊寶禎也批評，進入2022選舉年，才第一天，就這麼急著進行粗糙的政治操作，果然很民進黨。
陳佩琪也分享，去年12月31日跨年當晚，柯文哲不知白天忙什麼， 晚餐沒吃，回家吃了碗泡麵，就說很累、沒法再處理事情，要先去睡，因為明早清晨５點40分一定要準時到總統府升旗；隔天，柯文哲5點就起床梳洗，她還特意要柯穿上較喜氣的咖啡西裝外套、內搭粉色襯衫，柯也乖乖穿上，這天柯不敢有任何差池，按隨扈指定的時間出門去了。
陳佩琪表示，柯文哲才剛做完例行年度體檢，現在防疫考量進醫院前都要先做PCR，陰性才准進入，總統府防疫要嚴格，理當如此，若須PCR陰性證明，也通知台北市政府備妥就好了，民選首都市長不需有特權，但享有和進入總統內其他眾多貴賓一樣的權利。
