台灣5月爆發本土疫情，外界歸咎「3＋11」政策，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中堅稱兩者是獨立事件。台北市長柯文哲日前表示，台灣人個性老實，如果道歉，多數台灣人都會覺得算了，但政府態度只會讓人更生氣，以後大家走著瞧。陳時中今天（30日）回應，若柯文哲到現在還弄不清楚，他願意親自溝通。想找代罪羔羊大可不必，這對事情沒有幫助。

柯文哲說，病毒不會從外太空掉到雙北地區，政府做得好做得壞，老百姓心中自有一把尺。對此，陳時中今天接受電台專訪時提到，他願意親自向柯文哲溝通這件事，任何時候都可以，讓大家對事情能有更多了解。陳時中再度強調，目前沒有任何證據顯示諾富特飯店、華航機組員和五月中旬爆發的本土疫情有關聯。

陳時中指出，從四月份諾富特旅館和機組員感染事情一路下來的疫調和一千多人的檢測最後都是陰性，完全看不出來跟五月中旬爆發的本土疫情之間的關聯，就算是病毒定序很像，那全世界相似的一大堆，有可能「同源」、但不能說一定就是互相關聯。

陳時中呼籲，要指控人要有證據，不能因為爆發一個事件就說是某個人或某件事害的，不然不做疫調、不調查也沒證據就直接指控對方是傳染源頭，那就不用防疫了，社會全亂了，現在指控「3＋11」是疫情源頭的人，也提不出任何證據證實有相關。

陳時中重申，對於疫情導致八百多人死亡，他覺得很難過、也願意為疫情爆發道歉，但不能說這就是連同「3＋11」一起道歉，這是兩件事情，不能牽拖在一起。對於綠營批評柯文哲是想擺脫萬華疫情的負擔，到處甩鍋找代罪羔羊；陳時中則說，想找代罪羔羊大可不必，這對事情沒有幫助。