因應國內疫情發展，落實大專院校開學後的各項防疫工作，教育部訂定「大專校院110學年度因應嚴重特殊傳染性肺炎防疫管理指引」，並於9月7日經指揮中心核定。教育部表示，學校實體授課需符合室內80人以下、固定座位、佩戴口罩、上課期間禁止飲食等條件。
教育部表示，教學及授課方式，學校如採實體授課，應符合下列辦理原則，否則改採線上授課：1.室內維持安全社交距離(2.25平方米/人)且人數上限80人。2.採固定座位、固定成員方式進行，並落實實聯制。3.上課時師生應全程佩戴口罩且落實手部消毒，上課期間禁止飲食。4.教室應保持通風良好及定時清消。
在課程以外的集會活動，教育部指出，人數上限為室內80人、室外300人，如果超過人數須提報防疫計畫報請地方主管機關核准後實施；在進入學校師生得全面量測體溫、實聯制、全程戴上口罩，校方可以視情況加強相關防疫措施，但不能以PCR篩檢、快篩當作是學生入學資格限制。
在餐飲方面，教育部說，必須落實實聯制、用餐區設置隔板、環境清消、保持社交距離等措施；學校宿舍要落實門禁管制、體溫測量、專人關懷、衛教宣導、防疫物資補充、定期消毒、維持通風、保持社交距離或佩戴口罩。
教育部指出，居家檢疫期滿後自主健康管理，不宜進入校園上課或前往人群聚集的地方，若要入住校內宿舍，應安排獨層且一人一室的宿舍，衛浴設備如為共用，也請規劃分時段、分流使用，並且要落實清潔消毒。
教育部呼籲，校方可以視情況加強校園有關防疫措施；另外，教育部也會依指揮中心公告的疫情發展狀況，滾動修正管理指引，也會不定期抽查學校相關防疫管理執行情形。
