台東大學預定9月13日開學，為防疫考量，決定前2週先採用遠距教學，27日如疫情穩定再實體開學。為此，近5千名學生的加退選作業將在實體開學後進行，新生活動也順延2週，而入學輔導日訂在25日。另外，轉學考及各項招生考試參考指考防疫規定，以最高防疫規格做規畫，每間試場人數不得逾20人，考生間距離需達1.5公尺以上。

台東大學表示，國內疫情仍不穩定，開學1週後又遇上4天中秋連假，考慮到師生多來自外縣市，師生往返移動恐出現防疫破口，因此決定順延減實體開學日程，日後再視疫情狀況做滾動式調整。

根據中央流行疫情指揮中心開學指引，開學後，校園各場域及場館仍須執行室內80人、室外300人的人流管制，且須維持社交距離、實聯制、全程戴口罩、量體溫。東大指出，學校餐廳內用規範，也會依衛福部規定執行，若無法落實，則將持續僅開放外帶。全校教職員工生入校，每日需量體溫並上傳，各單位每日持續早晚環境消毒，填寫紀錄表備查。至於活動辦理，承辦人要先評估風險，並製作校內集會、教學及研習活動辦理原則的防疫計畫書、造冊、防疫檢核表，送至運健中心審核，審核通過才能辦理。