武漢肺炎疫情爆發以來，衛福部為勉勵醫事人員的辛苦，開始發給防治獎勵津貼，但有基層人員表示，至今尚未領到今年第二季國內疫情嚴峻時期的相關補助金。疫情指揮官陳時中表示，可能是申報過程的時間序出現落差，8月13日以前有66家醫院提出申請，已全數預撥8成金額。

陳時中說明，醫事人員津貼自今年4月起，由各家醫院按月提出申請，衛福部收件後會馬上預撥8成的申請金額，也要求醫院應該在撥款一週內，將津貼發給實際的工作人員。13日以前提出申請的共有66家醫院，已全數完成預撥。

陳時中補充，對於資料有疑義的，衛福部不會直接扣錢，而是要求補件。目前提出津貼遲發問題的是台北市聯合醫院，經查詢後市聯醫是在7月23日提出今年4月的申請，衛福部已經在8月4日完成預撥8成金額。

陳時中表示，知道這段時間大家都很忙，申報過程中時間序可能會有落差，而衛福部基本的原則就是在還沒有審查前，先預撥8成，讓辛苦的醫護人員能夠儘早領到津貼。