面對武漢肺炎疫情，疫調人員是防疫一大幕後功臣，柯文哲透露，台北市疫情最緊繃的時候，疫調人員每天上班13至14小時是家常便飯。今（11日）柯文哲也特地澄針對台北市「不疫調、不匡列、不隔離」的說法，他表示媒體、網路被傳得太多了，原本以為謠言會止於智者，最後發現連智者都相信這些謠言了。
柯文哲在臉書表示，疫調本身需要醫療專業，哪些人屬於親密接觸者，哪些必須法定匡列、隔離，都有一定的規範，不是不管三七二十一，把所有的人全部關起來就沒事了。整整十四天的隔離期，一定會讓日常生活受到影響，因此要謹慎處理。也不是先發病的人就一定是最早的感染者，確實疫調才能真正追出感染源。
柯接著指出，不是每個接觸史都能見光，人性就是疫調最困難之處；在電話的那一端，總有人會刻意隱匿資訊，這就要靠疫調人員發揮柯南的精神，細心、耐心、才能抽絲剝繭，他們還要接受許多確診者的負面情緒，那些壓力，難以為外人道。臺北疫情最緊繃的時候，疫調人員每天上班13-14個小時是家常便飯，回到家時已經聲音沙啞、喉嚨脹痛，連跟家人講話都沒力氣。打開電視，卻只看到滿滿的攻擊、指控，既然無力辯駁，就只好關掉電視。
他在臉書附上疫調人員工作狀況的影片，柯文哲說這四分鐘的影片，我看了感觸很深，再一次深深的感謝所有疫調人員的臨危授命；謝謝你們這一段時間的辛苦，台北市的疫情能夠趨緩，就是你們努力防疫最好的證明！
柯文哲臉書發文，並附上疫調人員工作影片，「感謝所有疫調人員這一段時間的辛苦，台北市的疫情能夠趨緩，就是你們努力防疫最好的證明！」 圖：翻攝柯文哲臉書
