目前武漢肺炎公費疫苗持續接種中，食藥署傳出造冊人數是署內人數的兩倍，被質疑打「特權疫苗」，食藥署回應，由於食藥署是防疫重點機關之一，加上編制外人員，總共有1794人被列入，但實際接種的只有1089人，約占61%，目前累計有3名確診者，為了避免疫情擴散，人力中斷，防疫人員有盡速施打疫苗的急迫性和必要性。

武漢肺炎公費疫苗正在施打，食藥署被指出有「特權疫苗」的疑慮，傳出造冊人數是署內人數的兩倍，食藥署則回應，身為防疫業務重點機關之一，包含編制內人員685人、編制外人員1,109人，合計1,794人。因此，為維持防疫量能，提報指揮中心疫苗施打順序第二類造冊者有1,356人，實際接種人數有1,089人，實際接種占本署總人數約61%。

食藥署有一大部份的主要工作，是負責國外進口疫苗之檢驗封緘、防疫醫療器材、防疫物資之審查檢驗、口罩之配發、港口、機場邊境查驗、疫苗之審查等重點防疫工作，符合中央流行疫情指揮中心的疫苗接種優先施打對象第二順位。

根據中央流行疫情指揮中心的疫苗接種優先施打對象，第一順位為醫護人員，第二順位為中央及地方政府防疫人員包含對象為：「維持防疫體系運作之中央及地方政府重要官員」、「衛生單位第一線防疫人員」、「港埠執行邊境管制之海關檢查、證照查驗、人員檢疫及動植物檢疫、安全檢查及航空安全等第一線工作人員」等。

食藥署表示，至5月底前，該署已累積有3名確診者，為避免疫情擴散、人力中斷，執行防疫物資檢驗、疫苗檢驗、邊境查驗等各項防疫業務受阻，影響防疫業務正常運作，故食藥署有疫苗施打的必要性及急迫性。