全台三級警戒延長，陸海空配合防疫皆大幅減班，澎湖機場一天僅剩4個航班，導致大批預計返鄉的旅客，只能擠在機場排隊候補，遭民眾拍下照片放上網路批評：「現在是無政府狀態嗎？還是逃難？」。對此，民航局與航空公司協調，自7月1日起高雄航線每週再增開4航班。

澎湖旅遊處表示，受到疫情影響，台澎海空交通皆停航或減班因應，航空一天也僅飛4班次，一路到月底都沒有機位，但近日是因醫療、工作與學期結束的返台人潮，才會引發一票難求現象。

華信航空今（29）日中午已加班高雄澎湖一架次，滿載了70名候補旅客返台，適時紓緩了候補的人潮，而航行高雄馬公的台華輪30日的航行，也同意載人返回高雄。

澎湖縣政府也緊急向民航局爭取交通需求，在疫情期適度增開台北及高雄航班，經民航局與航空公司協調，自7月1日起高雄航線每週再增開4航班，由每天2班增加至3班，台北航線後續再視疫情及旅客需求情況調整，稍可紓緩台、澎兩地的旅客。