台北農產運銷公司武漢肺炎感染擴大，北農相關人員共累計54人確診。台北市長柯文哲今（22）天指出，北農確診武漢肺炎的人，戶籍在台北的不到一半，且北農組成分子來自全台，搞不好是在其他地方被感染，所以不要說北農群聚感染，沒那麼嚴重。柯文哲晚上8點又在臉書Po文稱，染疫人數雖多，但從百分比來看疫情「沒那麼嚇人」，他呼籲勿製造恐慌，認為「動不動喊休市，只會造成更大混亂」。
柯文哲今天下午在台北市防疫記者會上表示，北農是比較複雜的案子，因為過去做疫調是以戶籍為本位，但北農有來自全台的人，疫調邏輯完全不同，不到一半確診者戶籍在台北市，也不確定是不是在北農感染，要從別的縣市調資料來才能比對。以第一果菜批發市場自5月12日至6月20 日的感染數字來看，平均就是每天一、兩個，顯示有潛藏傳播鏈，但沒有爆發，因為大家都會戴口罩、勤洗手，所以國民素質以及好的衛生習慣很重要。
柯文哲接著抱怨，媒體一直在帶風向，說什麼中央有叫北市府在北農設快篩站，但北市府不設。他解釋，這是因為剝皮寮快篩站就在旁邊，與北農討論過後覺得一市（第一果菜批發市場）空間不是很恰當，不如把員工直接帶到剝皮寮去篩就好，他說：「我自己是醫學專業人士，行不行我自己非常清楚」。並強調，既然這個批發市場在台北市境內，他就會處理，有需要中央幫忙他會講，沒有必要再口水戰了。
對於媒體詢問，北農群聚感染案是否因中央、地方合作不彰而導致；柯文哲回應，北農是真的陸陸續續有人感染，但北農的組成分子不是只有在萬華區，而是來自全台灣各地，所以不一定是在北農被感染，搞不好是在其他地方被感染，所以不要講「北農群聚感染」，沒那麼嚴重。柯文哲晚間也在臉書指稱，54例看起來很嚇人，但把時間軸拉開，從6月1日起，在第一和第二果菜市場的確診人數，每日大約新增1至2人，而2個市場相關工作者多達上萬人，轉換成百分比就沒那麼嚇人。
柯文哲提到，北農一市昨天共284人在萬大國小快篩，二市83人在聯合醫院和平院區快篩，皆為陰性；昨天已有228名PCR核酸檢測陰性者打完疫苗，預計今天會再有362人打完。今天開始共有聯醫中興院區、仁愛院區以及萬大國小3個快篩站，預計篩完1028人，一天之內把PCR 核酸檢測做出來，陰性就打疫苗，未來要以每天快篩1000人、接種1000人的速度，這週內把北農處理完。
柯文哲續指，台北市還剩下一些AZ疫苗，因為發生在台北農產運銷公司的群聚案也可能發生在其他批發市場，所以決定啟動「批發市場專案」，將讓台北市農產、畜產、漁產、花卉、環南等大規模批發市場，共約1萬540名固定工作人員，在最短時間內全數接種疫苗。此外，在端午節前後，北農員工就全數快篩，現在針對第一、第二果菜市場工作者再進行擴大篩檢，6月25日以前可以完成全面篩檢。若是陽性直接隔離，陰性才能入場工作。
台北市副市長黃珊珊則說明，農委會規定24日起要持陰性證明才能入場交易，依照每天1000人的速度，可能有些人會來不及，但北市府會盡快，呼籲要快篩的人先造冊再來，因為現場排隊還要填寫資料，會比較慢。另外，因疫苗打完後要2週才會有保護力，所以聯合醫院醫療團隊會在北農進駐3週，協助動線分區、分流等防疫工作，直到全體人員都產生保護力為止。
