好心肝診所涉嫌違規替人接種疫苗引起軒然大波，台北市長柯文哲為此公開道歉，而台北地檢署為追查好心肝疫苗接種是否涉及關說、特權介入，10日指揮廉政署、調查局及中正一分局等單位，兵分多路前往衛生局及診所蒐集證物，於傍晚陸續以證人身份約談診所負責人許金川、多名醫護人員及北市衛生局承辦科長、股長共12人，分別於廉政署、台北市調處進行偵辦，全數在今（11）天凌晨陸續請回。
好心肝診所負責人許金川，同時身兼好心肝基金會董事長，為台大肝病權威，更是柯文哲的恩師，曾獲蔡萬才台灣貢獻獎以表彰他對肝病防治的貢獻，但好心肝診所卻在8日遭民眾爆料，診所外有大量非3類施打排序人員，群聚在外等候接種疫苗，對此，好心肝10日發聲明解釋，診所施打對象包含了基金會志工及清潔、水電、保全人員，均符合施打優先順序。
台北市政府衛生局考量疫情嚴峻，於7日、8日共配發115瓶AZ疫苗給好心肝診所，卻遭踢爆診所施打的1285人中，多數人員並不在3類接種排序名單內，北市府回應，將依《傳染病防治法》處最高額的200萬元罰鍰，同時取消好心肝的合約診所資格，而衛生局的承辦人員疏於詳細查核疫苗使用狀況，將送政風室調查，如有違法事證則送交檢調單位究辦，局長黃世傑更是公開聲明，要為「督導不週」請辭。
台北地檢署10日組成專案小組，由多名主任檢察官、檢察官分頭指揮調查局台北市調處、廉政署及中正一分局，兵分多路到診所、衛生局查閱施打名冊、配送疫苗單據等證物，及向衛生福利部中央健康保險署比對接種者健保資料，並於同日陸續約談許金川等12名證人到市調處、廉政署，透過視訊方式複訊釐清案情，今凌晨2點10分訊後，12人均直接請回。
好心肝基金會10日下午發出聲明，強調基金會對台灣肝病防治貢獻大，都是靠「志工」，並舉例清潔人員、水電工人、大樓保全，都經常在基金會進出，是根據施打疫苗優先順序規定的第一類「醫事人員」及「醫療院所非醫事人員」的分類辦法，為上述人員施打疫苗。衛生局知道基金會要給志工打，同意於8日下午2點給予100瓶，衛生局也要求要當天打完。
柯文哲10日深夜在臉書發文，談到他作為市長，願就管理疏失向大家道歉，也一定會對疫苗事件調查到底，但他希望趁機抹黑、造謠適可而止，不要因為一件事，就抹煞所有衛生局同仁的努力。他認為，歸根究底搶打疫苗是出自「人性」，並反問：「如果疫苗足夠，台灣怎麼會有疫苗特權階級？怎麼會有人深夜跑到診所排隊搶打？怎麼會有人因為打不到疫苗而憤恨？所以千萬不要再製造對立，這只會更傷害這個社會。」
